
Του Βιολόγου Περικλή Πιαλόγλου
(από το βιβλίο: Η πειραματική διδασκαλία των φυσικών επιστημών στην Ελλάδα - Πρόταση για ένα επιμορφωτικό πρόγραμμα - Εκδόσεις Γ. Πνευματικού Αθήνα 1993)
Το σύνθετο οπτικό μικροσκόπιο αποτελείται από δύο συγκλίνοντες φακούς, οι οποίοι βρίσκονται στον ίδιο οπτικό άξονα: τον αντικειμενικό, ο οποίος βρίσκεται κοντά στο παρατηρούμενο παρασκεύασμα και τον προσοφθάλμιο, ο οποίος βρίσκεται κοντά στο μάτι του παρατηρητή.
Οι αντικειμενικοί φακοί που συνήθως χρησιμοποιούνται είναι οι 10x,25x, 40x, και 90x ή 100x. Οι αντικειμενικοί φακοί με μεγέθυνση 90x, 100x ονομάζονται καταδυτικοί.
Για τη χρήση τους απαιτείται η προσθήκη ειδικού ελαίου (με υψηλό δείκτη διάθλασης).

Η ολική μεγέθυνση στο σύνθετο μικροσκόπιο είναι ίση με το γινόμενο των επιμέρους μεγεθύνσεων των δυο φακών.
Η ικανότητα διάκρισης δύο σημείων που βρίσκονται σε κοντινή απόσταση στο παρατηρούμενο παρασκεύασμα ονομάζεται διακριτική ικανότητα του μικροσκοπίου.
Για τη μεγέθυνση 900x, η διακριτική ικανότητα του μικροσκοπίου είναι 0,27μm.
Το βάθος πεδίου μειώνεται, όσο αυξάνεται η μεγέθυνση:
Από 7μm στη μεγέθυνση 100x.
Στα 0,5 μm στη μεγέθυνση 900x.
Η επιλογή της κατάλληλης μεγέθυνσης στο μικροσκόπιο εξαρτάται από το προς παρατήρηση αντικείμενο.

Έτσι, για παράδειγμα, οι μεμβράνες του κυττάρου εμφανίζουν σκούρο χρώμα σε αντίθεση με το σχεδόν διαφανές κυτταρόπλασμα.
Στους φυτικούς ιστούς, η παρατήρηση υποβοηθείται από την παρουσία πολλών χρωστικών, όπως η χλωροφύλλη στα πράσινα μέρη του φυτού.
Σε πολλές περιπτώσεις, όμως, οι υπάρχουσες χρωματικές αντιθέσεις (contrast) δεν είναι οι κατάλληλες για την παρατήρηση των λεπτομερειών σε ένα κύτταρο.
Η αύξηση της αντίθεσης στο παρατηρούμενο παρασκεύασμα επιτυγχάνεται είτε με την χρήση διαφορετικών τύπων μικροσκοπίας, π.χ. με μικροσκοπία αντιθέτων φάσεων (οι οποίες απαιτούν ειδικό επιπλέον εξοπλισμό στο μικροσκόπιο), είτε με την χρήση ειδικών χρωστικών.
Οι χρωστικές χρησιμοποιούνται για να βελτιωθεί η εικόνα του παρασκευάσματος στο οπτικό μικροσκόπιο. Είναι κατά κύριο λόγο, οργανικές ενώσεις, οι οποίες συνδέονται εκλεκτικά με τα διάφορα συστατικά ή οργανίδια του κυττάρου.
Οι θετικά φορτισμένες χρωστικές (κατιονικές), όπως το κυανούν του μεθυλενίου (Methylele blue), η σαφρίνη και το Crystal violet, συνδέονται με τα αρνητικά φορτισμένα συστατικά του κυττάρου (π.χ. με τα νουκλεϊνικά οξέα ή τους όξινους πολυσακχαρίτες. Επειδή οι επιφάνειες των κυττάρων είναι αρνητικά φορτισμένες, οι χρωστικές της κατηγορίας αυτής μπορούν να χρησιμοποιηθούν σαν γενικής χρήσης χρωστικές. Οι αρνητικά φορτισμένες χρωστικές (ανιονικές), όπως η όξινη φουξίνη και το ερυθρό του Κονγκό (Congo red) συνδέονται με τα θετικά φορτισμένα συστατικά του κυττάρου, όπως τις πρωτεϊνες.
Συνδυασμός περισσότερων της μιας χρωστικών μπορεί να δώσει χρωματικά αποτελέσματα ανάλογα με το είδος του κυττάρου (διαφορική χρώση).
Η πλέον χρησιμοποιούμενη διαφορική χρώση είναι η χρώση Gram, η οποία χρησιμοποιείται για τη διάκριση των βακτηρίων σε Gram θετικά και Gram αρνητικά.
Χρώση Gram: Τα βακτήρια τα οποία έχουν προηγουμένως μονιμοποιηθεί με θέρμανση σε αντικειμενοφόρο πλάκα, χρωματίζονται αρχικά με crystal violet
Ακολουθεί αποχρωματισμός με αλκοόλη (30 sec) και χρώση με σαφαρίνη
Τα Gram θετικά βακτήρια εμφανίζουν μπλε χρώμα και τα Gram αρνητικά βακτήρια κόκκινο.